Căn cứ kết quả thanh tra, kiểm tra, năm 2017, các cơ quan có thẩm quyền đã xử phạt vi phạm hành chính 700 tổ chức, cá nhân với số tiền 82 tỷ 80 triệu đồng, truy thu 239 triệu đồng. Bộ đã tập trung xây dựng, hoàn thiện dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung các Nghị định hướng dẫn thi hành Luật Bảo vệ môi trường nhằm khắc phục những bất cập tồn tại trong quy định pháp luật về bảo vệ môi trường, nhất là các quy định về các công cụ, biện pháp quản lý nhà nước, biện pháp kỹ thuật kiểm soát, giám sát hoạt động xả thải của doanh nghiệp; hiện nay đã được trình Chính phủ xem xét, ban hành. Bộ cũng đã trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, ban hành Đề án kiểm soát đặc biệt đối với dự án, cơ sở có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường cao nhằm chủ động phòng ngừa, giảm thiểu nguy cơ xảy ra ô nhiễm, sự cố môi trường nghiêm trọng từ các dự án, cơ sở sản xuất nhằm bảo vệ môi trường, phát triển bền vững đất nước. Đối với các dự án vi phạm yêu cầu về bảo vệ môi trường, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã phối hợp với địa phương yêu cầu các chủ đầu tư có giải pháp khắc phục, cải tạo, xây dựng các hệ thống xử lý chất thải đảm bảo quy chuẩn, tiêu chuẩn. Trường hợp cơ sở sản xuất vẫn tiếp tục gây ô nhiễm sẽ tiến hành các hình thức dừng hoạt động, di dời. Bộ đã thiết lập và vận hành đường dây nóng về môi trường từ trung ương đến địa phương nhằm tiếp nhận và xử lý kịp thời các phản ánh của người dân về các hành vi vi phạm của doanh nghiệp (Từ tháng 10/2017 đến tháng 8/2018, tiếp nhận trên 850 thông tin, kết quả các địa phương đã xác minh, xử lý được gần 390 vụ việc).

Đồng thời, Bộ đã tăng cường kiểm soát ô nhiễm môi trường nước, khu kinh tế, khu công nghiệp, cụm công nghiệp, tập trung vào các khu chưa đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung; đảm bảo tỷ lệ các khu công nghiệp theo quy hoạch phải có hệ thống xử lý nước thải tập trung đạt 85%; các cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ trong 15% khu công nghiệp còn lại phải có hệ thống xử lý nước thải đạt quy chuẩn cho phép; xây dựng và hoàn thiện cơ sở dữ liệu về nguồn thải trên toàn quốc phục vụ công tác quản lý, kiểm tra, giám sát. Bộ đã chỉ đạo, yêu cầu trong quá trình thanh tra, kiểm tra phải xem xét chặt chẽ toàn bộ vấn đề công nghệ, quy trình xử lý để yêu cầu chủ dự án thực hiện các biện pháp cải tạo, nâng cấp các công trình xử lý chất thải, đảm bảo giảm tối đa khả năng xảy ra ô nhiễm hoặc các vấn đề sự cố môi trường; xây lắp các công trình ứng phó sự cố như hồ sinh học, hồ sự cố; yêu cầu các đơn vị có nguồn thải lớn phải lắp đặt thiết bị quan trắc nước thải tự động, liên tục có camera theo dõi và truyền số liệu trực tiếp cho Sở Tài nguyên và Môi trường địa phương để theo dõi, giám sát.