5 vấn đề chính được các đại biểu tập trung góp ý cho dự thảo Luật Bảo vệ môi trường là phạm vi điều chỉnh và đối tượng áp dụng; quy hoạch bảo vệ môi trường; ứng phó với biến đổi khí hậu; bảo vệ môi trường biển đảo, môi trường trong nhập khẩu phế liệu, cũng như trách nhiệm của các cơ quan quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường, cơ chế xử lý vi phạm pháp luật về môi trường. Về nội dung quy hoạch bảo vệ môi trường và đánh giá tác động môi trường, một số đại biểu cho rằng phải bổ sung thêm dự báo chất lượng môi trường trong kì qui hoạch và cần giảm thời gian qui hoạch bảo vệ môi trường.
Đại biểu Phạm Văn Khánh, Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội đề nghị, quy hoạch bảo vệ môi trường cấp vùng chỉ nên kéo dài 10 năm (dự thảo đề nghị 20 năm) để phù hợp với hai kì của phát triển kinh tế xã hội, đồng thời thuận lợi cho dự báo và đánh giá.
Vấn đề bảo vệ môi trường biển và hải đảo, ứng phó với biến đổi khí hậu và bảo vệ môi trường trong nhập khẩu phế liệu cũng được các đại biểu tập trung góp ý. Các đại biểu thống nhất, cần quản lý chặt chẽ, xây dựng hàng rào kỹ thuật để đảm bảo kiểm soát việc nhập phế liệu, quá cảnh hàng hóa nếu không Việt Nam sẽ thành bãi rác thải của thế giới. Đại biểu Lê Thị Tân Trang, Phó giám đốc Sở Văn hóa - Thể thao và Du lịch Hà Nội cho rằng Luật khuyến khích các hoạt động môi trường là đúng, nhưng cần qui định cụ thể các tiêu chuẩn kỹ thuật của cơ sở thu gom, tái sử dụng chất thải, tránh nguy cơ ô nhiễm môi trường.
Tại hội nghị, đa số các đại biểu đều tán thành với việc sửa đổi luật theo hướng tăng chế tài xử lý vi phạm pháp luật về môi trường để đủ sức răn đe và ngăn chặn các hành vi vi phạm. Đồng thời cần qui định rõ trong luật trách nhiệm của các cơ quan quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường.