Trong kết luận, đoàn thanh tra Bộ TN&MT cho biết đã lập biên bản vi phạm hành chính 25/49 đơn vị được thanh tra. Đoàn đã bàn giao cho Sở TN&MT lập thủ tục chuyển chủ tịch UBND TP và chánh Thanh tra Sở TN&MT ban hành quyết định xử phạt hành chính với tổng số tiền hơn 2 tỉ đồng. Các vi phạm chủ yếu là xả nước thải vượt quy chuẩn kỹ thuật, thực hiện không đúng giấy phép hành nghề quản lý chất thải nguy hại, chuyển giao chất thải nguy hại cho tổ chức, cá nhân không có đủ điều kiện về quản lý, xử lý, tiêu hủy…
Bộ TN&MT yêu cầu tất cả đơn vị vi phạm được nêu tên trong kết luận thanh tra phải khẩn trương khắc phục sai phạm, báo cáo cho Bộ trước ngày 31-3.