Xác định thanh tra, kiểm tra là một trong những nhiệm vụ trọng tâm, ưu tiên của quản lý nhà nước, Bộ Tài nguyên và Môi trường (TN&MT) luôn coi trọng, đẩy mạnh công tác kiểm tra, thanh tra và xử lý vi phạm pháp luật trong lĩnh vực môi trường, góp phần làm thay đổi nhận thức, thái độ và trách nhiệm của tổ chức, cá nhân đối với công tác bảo vệ môi trường.
Giai đoạn 2011 -205, Bộ TN&MT đã tập trung thanh tra chấp hành pháp luật về bảo vệ môi trường đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ... trọng tâm là các cơ sở có lượng xả thải lớn, có loại hình sản xuất có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường cao, các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, các cơ sở có đơn, thư, có phản ánh của báo chí..., từ đó phát hiện kịp thời và xử lý nghiêm các vi phạm, tạm đình chỉ hoạt động để khắc phục ô nhiễm, xử lý dứt điểm các điểm nóng về môi trường tại các địa phương.
Bên cạnh đó, Bộ cũng chú trọng thanh tra, kiểm tra trách nhiệm quản lý nhà nước về môi trường của Ủy ban nhân dân tỉnh, qua đó phát hiện những bất cập về mặt chính sách, pháp luật về bảo vệ môi trường, kiến nghị sửa đổi, bổ sung cho phù hợp, góp phần nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước về môi trường tại các địa phương; đồng thời, chia sẻ kiến thức pháp luật, kỹ năng thanh tra, quản lý nhà nước về môi trường với các địa phương trong quá trình phối hợp công tác.
Bên cạnh thanh tra thường xuyên, Bộ còn rất quan tâm đẩy mạnh thanh tra, kiểm tra đột xuất đối với một số cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng theo phản ánh của báo chí và qua xử lý đơn thư của công dân. Từ năm 2014 đến nay, đã có 34 cơ sở sản xuất được kiểm tra, thanh tra đột xuất; qua đó đã xử phạt 4,4 tỷ đồng, buộc các cơ sở phải khắc phục các vi phạm và bồi thường thiệt hại. Qua thanh tra đột xuất đã phát hiện và bắt quả tang nhiều vụ việc xả chất thải không qua xử lý, gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng. Hàng loạt vụ việc đã được công khai trên các phương tiện thông tin đại chúng, có tác động mạnh mẽ đến nhận thức, thái độ của các tổ chức, cá nhân về trách nhiệm bảo vệ môi trường.
Tuy nhiên, hoạt động kiểm tra thanh tra chuyên ngành môi trường còn một số khó khăn, vướng mắc như: việc xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường còn kéo dài do nhiều đối tượng vi phạm trốn tránh hoặc không hợp tác; các vi phạm về bảo vệ môi trường ngày càng tinh vi, khó phát hiện, đặc biệt là các hành vi xả thải gây ô nhiễm môi trường của doanh nghiệp; hoạt động thanh tra chuyên ngành còn bị ràng buộc bởi nhiều thủ tục hành chính và chưa được sửa đổi bổ sung kịp thời như phải có Quyết định thanh tra, kiểm tra, phải thông báo trước, chỉ làm việc trong giờ hành chính… làm hạn chế việc phát hiện và xử lý các vi phạm hành chính; hoạt động thanh tra, kiểm tra, kiểm soát các doanh nghiệp, cơ sở sản xuất kinh doanh, dịch vụ còn chồng chéo; lực lượng thanh tra chuyên ngành môi trường từ Trung ương đến địa phương còn thiếu về số lượng và chất lượng…
Để đảm bảo công tác thanh tra, kiểm tra môi trường có hiệu quả, giảm phiền hà cho doanh nghiệp, Bộ TN&MT đã đề nghị Chính phủ sớm ban hành Nghị định hướng dẫn hoạt động thanh tra, kiểm tra doanh nghiệp thay thế cho Nghị định số 61/1998/NĐ-CP ngày 15/8/1998; rà soát sửa đổi bổ sung Nghị định số 07/2012/NĐ-CP theo hướng bổ sung các cơ quan được giao chức năng thanh tra chuyên ngành phù hợp với yêu cầu quản lý Nhà nước của ngành, lĩnh vực; đồng thời, cũng cần có Thông tư quy định về trình tự, thủ tục, thời hạn kiểm tra để tạo hành lang pháp lý, hiệu quả và thống nhất cho hoạt động kiểm tra.
Về lâu dài, Bộ TN&MT cũng đã đề nghị Thanh tra Chính phủ phối hợp với các Bộ, ngành nghiên cứu thiết kế mô hình thanh tra chuyên ngành ổn định, lâu dài, phù hợp với yêu cầu quản lý theo ngành, lĩnh vực, phát huy tốt vai trò công cụ hỗ trợ đắc lực để tăng cường hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước.